这次新型冠状病毒如何被注意到的？mNGS首功！

最原先的原先型肝炎病毒是如何被辨认出的？惠遗传脱氧核糖核酸分子生物学（mNGS）首当其功！适逢SARS，声称过原生动物、病原体、病毒等接种，最后折腾了很久下才辨认出是肝炎病毒接种。如今mNGS实用化，相反了感染性微生命体学的治疗原先格局！这次从发病到治疗，只有较短较短几天短时间！比如说就简单介绍一下mNGS.

不太似乎三十年，第三组学研究课题一直是区域性，最早是遗传脱氧核糖核酸学，然后是蛋白质第三组学，如今原先兴第三组学领域则是被相信最有前景的惠遗传脱氧核糖核酸学（Metagenomics）。惠遗传脱氧核糖核酸学（Metagenomics）又叫微生命体环境遗传脱氧核糖核酸学、元遗传脱氧核糖核酸学，通过反之亦然从环境样品之前提取全部微生命体的DNA或RNA，构建惠遗传脱氧核糖核酸文库，利用遗传脱氧核糖核酸学的研究课题策略研究课题环境样品所包含的全部微生命体的遗传第三组成、生境属性，并可开发计划原先的生理活性气态（或给予原先遗传）。

2014年原先英格兰篇文章另据了一个通过惠遗传脱氧核糖核酸特别设计样品痊愈了一位情况有异、反复气喘、兼具哮喘及脑积水病因的14岁小女孩的事例，这是历史上首个惠遗传脱氧核糖核酸诊疗可不用尝试的事例。文章另据这个值得注意病患及感染性侵入性都从从未患病情况，随后对脑脊滴抽样mNGS侵入性，结合生命体电子邮件学研究结果辨认出一种可疑的免疫菌leptospira infection，随后选择性地适用万古霉素和唑锦标肟病患后出院。该团队确认这是一种尚从未另据过的感染性微生命体。由此，诊疗惠遗传脱氧核糖核酸在此之前可不适用微生命体治疗拉出了帷幕。详细见：NEJM：原先一代分子生物学技术开发计划挽救危重病小女孩

随着遗传分子生物学技术开发计划的迅猛转型，基于二代分子生物学的惠遗传脱氧核糖核酸学（惠遗传脱氧核糖核酸分子生物学）带进了诊疗的热门话题。惠遗传脱氧核糖核酸分子生物学（mNGS）是综合性研究来自患者抽样的微生命体和病原体的遗传气态（DNA和RNA）的分析方法，可不适用多种接种性疾病的治疗、疾病和健康精神状态下微生命体学研究、人类病原体反可不对接种的传播的特征化、识别涉及病毒。惠遗传脱氧核糖核酸分子生物学（mNGS）描述了抽样之前依赖于的所有DNA或RNA电子邮件，从而并不即可要研究整个微生命体第三组以及患者抽样之前的人类病原体遗传脱氧核糖核酸或磷酸化第三组，让免疫微生命体无所遁形。

在诊疗接种性感染性探寻的步骤之前，诊疗护士时常不会眼见原先发感染性有时候惊觉、疑难接种感染性竟然、或者由于样品技术开发计划受限想到没人样品到的困境，基本的诊疗特别设计治疗方式与诊疗的迫切所即可彼此之间还依赖于着巨大的鸿沟。而mNGS (惠遗传脱氧核糖核酸学二代分子生物学技术开发计划) 在“仅仅”并不即可要回答诊疗护士的上述疑问，这两项已克服诊疗接种性疾病诊治的以外困难。

mNGS作为一种不即可培训的原先型技术开发计划，可以深入短时间内检验接种感染性，相对传统培训分析方法保有更极高诱发的同时又与“熟练诊疗”的以人为本相契合。Gyarmati 等在2016年刊载的一篇古文献之前提到，mNGS可以反之亦然从血滴抽样之前检验无法培训的、苛养的以及非病原体 (病毒和霉菌) 感染性。除此之外，mNGS可以适用传染病预防措施，兼具反之亦然从诊疗抽样之前获的感染性的传播藏宝图的潜力。2014年，Hasman等提到mNGS可适用尿滴抽样之前感染性以及乙型肝炎遗传的样品，而且不仅乙型肝炎遗传的样品结果与药敏测试一致，也与基于稀培训物的全遗传脱氧核糖核酸分子生物学 (S) 的进化研究结果相匹配。越来越多的事例以及诊疗研究课题提到mNGS适用诊疗治疗的可行性以及诸多压倒性，使得mNGS带进理想感染性治疗分析方法的“热门当选者”。

mNGS有哪些用途呢？

比如说这张图很好地总结和说明了。二代分子生物学不仅可以适用感染性学样品，也可以在感染性培训后做深度的二代分子生物学，甚至全遗传脱氧核糖核酸研究。现在主要适用诊疗的还是诊疗骨骸感染性学样品，通过样品可以告诉骨骸之前含有的感染性。如果分子生物学量并不即可要促使突破，它除了可以把骨骸之前里所有微生命体的多肽测出来外，也可以把人体表达的所有RNA测出来，试图说明定植或者接种。比如铜绿假单胞菌测出来后，人体有从从未针对它随之而来炎症反可不，还可以说明是定植还是接种，但现今还在探索阶段，尚值得注意从未适用诊疗。

对于混合接种，mNGS也有天然的压倒性

对于混合接种的治疗，与传统分析方法相对，NGS兼具更极高的诱发。

然而，在追寻光明坦途，为诊疗备有“服务项目”克服方案之前，mNGS仍有一段平坦小路即可严峻行进。首先，眼见血滴、痰滴、脑脊滴、第三组织、拭子等频频杂杂的骨骸特性，如何创建统一的多肽提取基准使得感染性的样品品质平衡困难重重。病原体多肽也是冲击感染性样品的；还有因素，在多肽提取环节，怎么样算是有效性转换成病原体多肽，氟化物感染性多肽，进而提极高mNGS的恰当度也是困扰之一。

在分子生物学环节，如何依据注意的感染性特性选择合适的分子生物学策略？如何为重分子生物学深度、出厂短时间以及所即可经济体制运输成本等诸多因素？这些弊端依然是这两项接踵而来的巨大的下一场。

另外，在测试环节投身质控抽样不可或缺。理想的质控可不适适用不同接种症候群以及相异的各种抽样特性，涵盖白血病质控、阴性质控以及投身传染病或稀DNA的人工模拟质控抽样。然而，mNGS年底覆盖的分析方法学属性为选取何种传染病作为白血病质控提高了难度，诊疗系统化之前又该如何获取经过审批的大批量阴性对照抽样也是弊端之一。

在生命体电子邮件特别，近来有研究课题研究了不同的生信研究分析方法的是非。基本的分析方法不仅插值依赖于关联性，而且所用的数据源也各有不同，随之而来在感染性检验能力以及相对金属量测算特别出现关联性。在mNGS生信研究流程不够统一基准的情况下，适用者基于个人经验、可及性以及简便性转用生信研究该软件，不会对测试重复性以及结果稳定性遭受直接影响，带进mNGS的诊疗基准化障碍。

因此，该研究课题重点注意多肽提取和生命体电子邮件研究两个重要环节，对比研究三个人源病原体转换成催化剂盒 (Ultra-Deep Microbiome Prep 、QIAamp DNA Microbiome Kit、Micro-DXTM) 以及多种基本商用或非商用生命体电子邮件用以的是非。

研究课题者挖掘9个体滴 (腹膜滴、脓滴、肌腱滴、痰滴) 抽样和1个骨第三组织骨骸进行分子生物学，不久分别适用不同的生命体电子邮件该软件比如基于Unix系统 (Kraken、Metaphlan2和MIDAS)、基于页面版本的商用或非商用 (BaseSpace、Taxonomer和CosmosID) 研究该软件与商用工作站 (CLC genomics Workbench)。他们辨认出不同抽样的机上存储空间及人源脱氧核糖核酸占比关联性不大 (3.5%-98.9%)，其之前人源占比与抽样特性无关，与每个抽样自身的属性以及去病原体催化剂盒的效率有关。

本文章涉及的mNGS生信研究该软件

以培训或MALDI-TOF为金基准，研究课题者研究测算了每种研究该软件的感染性检验个数以及其相异的白血病、假白血病、诱发等常量。在诊疗系统化之前，原先技术开发计划必须同时具备兼具极高诱发和极高白血病预测值 (PPV)。适用Kraken和Taxonomer这两个普及的该软件可以注意到其样品到数十到数百种微生命体，测算给予的PPV极低。虽然设阈值截取对克服这一弊端有益，但阈值根本设为多少仍依赖于争论。另外，该软件即可综合性适用多个常量，如相对金属量、遗传脱氧核糖核酸一般来说、遗传脱氧核糖核酸覆盖率等特别设计传染病的检验。

研究课题者也在阴性质控抽样之前含有1%的人驼背杆菌，他们研究驼背杆菌的含有似乎是环境或抽样间的水污染、分子生物学催化剂引入或生命体电子邮件研究的模糊辨识等情况随之而来。背景菌的弊端也在多个研究课题之前被提及，这些含有的感染性在抽样之前是否真实依赖于？水污染、定植还是免疫如何划分？技术开发计划研制出其他部门，生命体电子邮件其他部门、微生命体技术开发计划其他部门以及诊疗护士也接踵而来着迅速换用的下一场。总结说来，现今mNGS的诊疗可不用接踵而来如下四个下一场：

眼见如上的下一场，我们也相遇了一系列的疑问。编者本期搜集了两个关于mNGS诊疗技术开发计划其他部门常不会问到的弊端，从这两项技术开发计划转型的角度出发，给出如下的尝试性解答。

为什么有些抽样培训白血病了、多肽样品白血病了、mNGS从从未含有来？这个技术开发计划是不是不出？

任何诊疗样品都要慎重考虑卫生经济体制运输成本，这也是原先技术开发计划mNGS的慎重考虑到因素之一，使得现今mNGS经济体制运输成本与恰当度彼此之间必须为重。诊疗抽样兼具相当极高的确定性，而且很多感染性接种后含量比很低或服药后取样随之而来感染性数量提极高，在限定存储空间的情况下，靶感染性由于电子邮件太低而被丢失。

由于这些下一场带来的样品局限性，有时候就不会促使诊疗护士构成交往局限性，所以我们听见诊疗护士对mNGS属性的不采纳的声音。虽然扩大存储空间是手段之一，但在卫生经济体制运输成本的限定下总有限度。通过氟化物传染病，加大分子生物学存储空间，进而提极高恰当度；样品长片段，进而提极高依赖性是我们与诊疗现今以及从未来努力的斜向。

诊疗护士经常可不答mNGS样品结果是一个感染性条目，无论如何哪个或哪几个感染性才是始作俑者？

多个感染性的含有主要如下两个特别情况：

mNGS技术开发计划插值依赖于较短脱氧核糖核酸模糊辨识，相对之下针对以外同源较差的亚种，因此其在这类同源较差的亚种之前分类意义就打了折扣。如何克服一个较短脱氧核糖核酸同时比较到多种感染性弊端呢？现今我们的研制出其他部门即将短时间内的开发计划特征遗传数据源，多个数据源的停用必定不会促使提极高传染病的恰当辨识能力。

多感染性共接种、 原发接种与继发接种的多感染性接种或呼吸道粪便，消化道粪便停止适用体系本身的微生命体生态系统等情况必定不会随之而来多种感染性含有。这实际上不是技术开发计划本身局限性，而是诊疗医学弊端。培训分析方法、质谱分析方法、多重PCR分析方法也不会含有多个感染性，最后的治疗结论必须有诊疗治疗的涉及电子邮件介入、也必须诊疗接种护士的共同参与，无法仅靠样品克服一切弊端。在充分精简报告的情况下，多感染性条目展示的压倒性起着在于一特别备有似乎的有效性藏宝图，另一特别亦然恰当明晰的诊疗电子邮件时可以特别设计诊疗治疗。

对于mNGS来说，可以说为感染性学治疗又打开了一扇原先的窗户，我们一定要标新立异的系统化，要了解它的压倒性和缺点，但是拿到结果时要小心反驳，掌握原先前沿。

原始出处：

Couto, N., Schuele, L., Raangs, E. C., Machado, M. P., Mendes, C. I., Jesus, T. F., ... & Autenrieth, I. B. (2018). Critical steps in clinical shotgun metagenomics for the concomitant detection and typing of microbial pathogens. Scientific reports, 8(1), 13767.

Gyarmati, P. et al. Metagenomic ysis of bloodstream infections in patients with acute leukemia and therapy-induced

neutropenia. Sci. Rep. 6, 23532 (2016).

Hasman, H. et al. Rapid whole-genome sequencing for detection and characterization of microorganisms directly from clinical